Keberadaan Mahkamah Pelayaran di Indonesia tidak terlepas dari peran Pemerintah Hindia Belanda semasa masih berkuasa di Indonesia. Mahkamah Pelayaran untuk pertama kalinya dibentuk berdasarkan Ordonanntie op den Raad voor de Scheepvaart (Staatsblad 1934 No. 215) yang mulai berlaku pada tanggal 1 April 1938. Kedudukan Mahkamah pada masa Hindia Belanda ada dalam lingkungan Departemen van Marine.

Setelah Indonesia Merdeka sampai dengan saat ini kedudukan Mahkamah Pelayaran berada dalam organisasi Kementerian Perhubungan.

VISI DAN MISI MAHKAMAH PELAYARAN :

V I S I :

Terwujudnya penyelenggaraan proses Pemeriksaan Lanjutan Kecelakaan Kapal secara tepat, cepat dan seadil adilnya berdasarkan kaidah-kaidah hukum yang berlaku terhadap pihak-pihak yang berkaitan dengan keselamatan pelayaran.

M I S I :

Terselenggaranya pelayanan pemeriksaan kecelakaan kapal oleh tenaga ahli yang profesional dalam bidangnya secara kuantitatif sebagai pembinaan hukum dan penegakan hukum (Low Enforcement) perkapalan, pelayaran serta tenaga profesi kepelautan agar angkutan laut di Indonesia dapat terselenggara dengan aman. 

MAHKAMAH PELAYARAN MEMILIKI TUGAS DAN FUNGSI :

TUGAS :

• Meneliti sebab-sebab terjadinya kecelakaan kapal dan menentukan ada atau tidak adanya kesalahan atau kelalaian dalam penerapan standar profesi kepelautan yang dilakukan oleh Nakhoda dan/perwira kapal atas terjadinya kecelakaan kapal dan;
• Merekomendasikan kepada Menteri Perhubungan mengenai pengenaan sanksi administratif atas kesalahan atau kelalaian yang dilakukan oleh Nakhoda/perwira kapal.

FUNGSI :

Melaksanakan pemeriksaan lanjutan kecelakaan kapal atas kecelakaan kapal dan menegakkan kode etik profesi dan kompetensi Nakhoda dan/atau perwira kapal setelah dilakukan pemeriksaan pendahuluan oleh Syahbandar.